В 1868 году в Севастополе была основана Первая земская больница.
До 1951 года медицинская помощь урологическим больным оказывали врачи различных специальностей. В связи с активным развитием хирургической службы, в 1951 году на основе хирургического отделения было выделено 10 коек для урологических больных. В дальнейшем, для этих пациентов уже было выделено 40 коек из 60, а в последствии одно из хирургических отделений полностью преобразовалось в урологическое.
Первым заведующим отделением и Главным урологом была назначена Нелькина Т.И., а первыми ординаторами – врачи Лебедевская М.А. и Шульгина А.П.
Амбулаторный прием урологических больных был открыт 1954 году в поликлинике 1-й больницы и вел его врач Вайнер А. П. Через год, в 1955 г., в городской поликлинике 2 открыт 2-й прием - врач Шульгина А. П. С открытием этих двух приемов и началась специализированная амбулаторно-поликлиническая помощь урологическим больным.
С 1960 года заведующим отделением был назначен Вайнер А. П.
В 1977 г. на базе 1-й городской больницы был создан урологический Центр, в состав которого входил стационар на 80 коек, в том числе 10 детских, амбулаторно-поликлинический прием в 2 смены и срочная круглосуточная служба.
С 1999 года в отделении перепрофилировано 15 коек для онкоурологических больных. Подготовленный специалист онкоуролог ведет больных как в отделении, так и в поликлинике городского онкодиспансера, благодаря чему помощь онкологическим больным оказывается в полном объеме.
На данный момент в штате отделения находится 11 врачей-урологов: 6 ординаторов и 5 врачей ургентной службы. Сотрудники совмещают работу в урологическом отделении с работой в других лечебных заведениях города, проводят консультативные приемы.